Zola nổi tiếng với nhiều tác phẩm đề cập đến quan niệm xã hội của ông. Bộ tiểu thuyết đồ sộ Les Rougon-Macquart được viết từ năm 1868 tới năm 1893 của ông bao gồm tới 20 cuốn với chủ đề "lịch sử tự nhiên và xã hội của một gia đình trong Đế Chế Thứ Hai". Ngoài ra, ông còn một số tác phẩm khác như Ba thành phố (Les Trois Villes) bao gồm các tiểu thuyết Lourdes (1894), Rome (1895) và Paris (1898); Bốn chân lý (Les Quatre Évangiles) gồm Fécondité (1899), Travail (1900), Vérité (1902) và cuốn tiểu thuyết chưa kịp hoàn thành Justice.
Đại tá Alfred Dreyfus là một sĩ quan pháo binh người Do thái trong quân đội Pháp. Khi tình báo Pháp phát hiện thông tin có ai đó trao các bí mật quân sự cho đại sứ quán Đức, chủ nghĩa bài Do Thái khiến những sĩ quan cấp cao nghi ngờ Dreyfus, dù không có bằng chứng cụ thể nào. Dreyfus bị xử trước tòa án binh, bị kết tội phản quốc và giam cầm tại Đảo Quỷ, Guiana, Pháp.
Một số bằng chứng cho thấy một sĩ quan khác, Ferdinand Walsin Esterhazy mới là thủ phạm được Trung úy Georges Picquart phát hiện. Thay vì xóa tội cho Dreyfus, quân đội quyết định bảo vệ Esterhazy. Tướng Hubert-Joseph Henry làm giả những tài liệu chứng minh Dreyfus có tội, và cử Picquart tới Châu Phi. Trước khi đi, Picquart kể lại những điều mình phát hiện cho những người ủng hộ Dreyfus, từ đó, thượng nghị sĩ August Scheurer-Kestner lật lại vụ án và tuyên bố trong thượng nghị viện là Dreyfus vô tội. Chính phủ từ chối không công nhận những bằng chứng mới, Esterhazy bị xét xử và được tuyên bố trắng án.
Vào ngày 13/1/1898, Émile Zola đã mạo hiểm sự nghiệp của mình với bài viết "Tôi kết án - J'accuse' trên trang nhất của tờ nhật báo L'Aurore. Bài báo này đã tiết lộ câu chuyện gây tranh cãi này dưới hình thức một bức thư mở gửi tới Tổng thống, trong đó buộc tội tầng lớp cấp cao của Quân đội Pháp ngăn cản công lý và bài Do thái. Mục đích của Zola là để ông sẽ bị xử vì tội phỉ báng, và từ đó những bằng chứng mới có lợi cho Dreyfus sẽ được công bố trước công chúng. Vụ án, được biết tới là vụ Dreyfus, chia rẽ nước Pháp một cách sâu sắc giữa quân đội phản động và nhà thờ với cộng đồng thương nghiệp tự do hơn. Sự chia rẽ kéo dài nhiều năm, và trong kỷ niệm lần thứ 100 của bài báo, Tờ nhật báo Công giáo La mã - La Croix đã lên tiếng xin lỗi vì những bài báo bài Do Thái của mình trong vụ Dreyfus.
Ngày 7/2/1898, Zola bị xét xử vì tội phỉ báng, và ngày 23/2/1898, ông bị kết tội và bị tước Huân chương Bắc đẩu bội tinh. Thay vì vào tù, Zola trốn sang nước Anh. Ông sống lưu vong tại đây một năm, từ tháng Mười 1898 tới tháng Sáu 1899 khi những người liên can đến vụ án Dreyfus được ân xá.
Áp lực của dư luận và các nhà hoạt động tiến bộ đã khiến Chính phủ pháp đề nghị trao cho Dreyfus một lệnh ân xá mà ông có thể được tự do với điều kiện chấp nhận là mình có tội thay vì đối mặt với một vụ xét xử lại mà chắc chắn ông sẽ lại bị kết án. Mặc dù rõ ràng là mình vô tội, Dreyfus đã chọn chấp nhận lệnh ân xá. Tuy vậy, Zola viết, "Sự thật đang tiến lên phía trước, và sẽ không gì có thể ngăn cản được nó." Theo thời gian, những lời buộc tội chống lại Alfed Dreyfus được chứng tỏ hoàn toàn không căn cứ, và năm 1906, Dreyfus được Tòa án Tối cao giải tội.
Bài báo năm 1898 của Émile Zola được coi là minh chứng cho sức mạnh của giới trí thức trong việc định hướng quan điểm quần chúng và báo chí. Cụm từ J'accuse!, ngay cả đối với các nước nói tiếng Anh, đã đi vào lối nói thường ngày như một cách nói để biểu hiện sự tức giận và buộc tội với những kẻ có quyền.